Главная страница Карта сайта Контактная информация





       


Главная » Новости »

Семинар 12 марта

2012
13
марта
12 марта 2012 года на кафедре биоинженерии состоялся семинар под руководством ведущего ученого В.М.Студитского.

На семинаре были подведены итоги работы молодых ученых, участвующих в выполнении гранта Правительства Российской Федерации № 11.G34.31.0009 от 01 декабря 2010 г.  «Эукариотическое транскрибирование: механизмы генетических и эпигенетических процессов и разработка регуляторов для биоинженерии». Со вступительным словом выступил руководитель проекта В.М.Студитский.


Затем состоялись выступления

1. Молодых ученых из группы доцента кафедры биоинженерии Соколовой Ольги Сергеевны: 

В результате работы группы О.С. Соколовой в 2011 году были отработаны условия приготовления нуклеосомных препаратов +24, +39, +41 и чистой РНК полимеразы для ЭМ исследований методом негативного контрастирования. Были получены  и обработаны изображения отдельно лежащих молекул. Для реконструкции трехмерной структуры комплекса РНК полимеразы с нуклеосомой по двумерным проекциям были собраны несколько тысяч индивидуальных изображений частиц (например, для комплекса +41 было собрано 4916 отдельных частиц). Затем была определена симметрия, проведено центрирование, а также трансляционное и ротационное выравнивание и затем классификация полученных изображений. Вторая стадия реконструкции включала циклическое выравнивание относительно имеющейся модели и радоново преобразование. Разрешение трехмерной реконструкции комплекса РНК полимеразы с нуклеосомой рассчитывали методом объемной корреляции Фурье. Полученную в результате анализа трехмерную структуру обрабатывали для определения локализации доменов и/или других структурных особенностей. Для детальной интерпретации полученной реконструкции использовали докинг имеющихся кристаллических структур нуклеосомы (Davey et al, 2002) и РНК полимеразы II (Kettenberger et al, 2004).

2. Молодых ученых из группы научного сотрудника  кафедры биоинженерии Багрова Дмитрия Владимировича

В результате работы группы Д.В. Багрова  в 2011 году были успешно отработаны способы нанесения молекул ДНК и плазмид на подложку (слюду) для их наблюдения методом АСМ. Были проведены эксперименты по изучению релаксированных и сверхспирализованных состояний плазмидной ДНК. В настоящий момент проводится поиск оптимальных условий для сорбции и изучения элонгационных комплексов методами атомно-силовой микроскопии.  Планируется изучить влияния различных белковых регуляторов (инсуляторов) на процесс образования петель и топологических доменов ДНК

3. Молодых ученых из группы профессора кафедры биоинженерии Феофанова Алексея Валерьевича

В результате работы группы А.В. Феофанова за отчетный период на основе лазерной конфокальной микроскопии была разработана и успешно апробирована методика  исследования единичных флуоресцирующих нуклеосом в растворе. Были собраны нуклеосомы с введенными метками. Один комплекс нес метки Cy3 в позиции +13 и Cy5 в позиции +91. Предполагалась, что при сборке нуклеосомы данные метки сблизятся и расстояние между ними составит порядка 3-4 нм. Другой комплекс содержал метки в позициях Cy3 в + и Cy5 в +151. Вторая часть работы составляла в исследовании иммобилизованных комплексов нуклеосом методами FRET. В настоящий момент получены противоречивые результаты, нуждающиеся в дальнейшей проверке.

4. Молодых ученых из группы научного сотрудника  кафедры биоинженерии Шайтана Алексея Константиновича

По результатам докладов возникла оживленная дискуссия, в которой принимали участие ведущий ученый  В.М. Студитский, профессор А.В. Феофанов, доцент  О.С, Соколова, доцент Н.В. Малюченко, научный сотрудник А.К. Шайтан, научный сотрудник Д.В. Багров, аспирант С.В.Ульянов



Все новости »