Главная страница Карта сайта Контактная информация





       


Главная » Новости »

Научный семинар

2011
14
ноября
10 ноября в лаборатории регуляции транскрипции и репликации состоялся научный семинар.

Семинар открыл заведующий ЛРТИР, ведущий ученый В.М.Студитский докладом на тему «Механизм действия FACT во время РНКП2 транскрипции через хроматин» (фото 1,2).  



В начале доклада В.М.Студитский сделал обзор литературных данных о FACT, в котором изложил современные представления о действии данного фактора. Известно, что FACT участвует в процессе опухолеобразования и, возможно, преждевременного старения клетки. Затем проф. Студитский рассказал о результатах исследования FACT в его лаборатории с использованием различных подходов – молекулярно-биологического, биохимического, кинетического. Полученные данные позволили предложить новую модель действия  FACT, согласно которой FACT влияет на паузирование и облегчает разворачивания ДНК во время транскрипции РНКП через нуклеосому. Доклад В.М. Студитского вызвал оживленную дискуссию ученых, в которой участвовали д.б.н. А.В.Феофанов, доцент О.С. Соколова, н.с. А.К. Шайтан, а также молодые ученые и аспиранты биологического факультета.

Следующий доклад сделал академик РАН, директор института биологии гена П.Г.Георгиев, в котором осветил деятельность научного коллектива института, задействованного в совместной работе с лабораторией В.М.Студитского. Первая часть доклада была посвящена анализу механизма действия Su(Hw) инсулятора. Затем была презентация работы по исследованию доменов белка dCTCF, в которой было показано, что консервативный район в С-концевом домене белка CTCF важен для взаимодействия с доменом «цинковые пальцев» этого белка. Третья работа представленная работа была посвящена исследованию роли инсуляторных белков dCTCF, CTCF, Zw5, Su(Hw) в дистанционных взаимодействиях на модельных системах. Были также представлены данные по исследованию инсуляторов на плазмидных модельных системах. Особое внимание было уделено модельным системам для изучения механизма формирования петель взаимодействующими регуляторными элементами в системе in vivo. Последняя часть доклада была посвящена роли транскрипции в негативной регуляции активности энхансеров у D. melanogaster. Многие представленные результаты были получены молодыми учеными, являющимися членами ВТК проекта В.М. Студитского. Полученные результаты внесли существенный вклад в исследование доменов инсуляторных белков, которые поддерживают дистанционные взаимодействия,  а также идентификацию инсуляторных белков и их доменов, участвующих в дистанционных взаимодействиях.

Следующий доклад представил доктор биологических наук, профессор кафедры биоинженерии А.В.Феофанов.


Алексей Валерьевич рассказал о разработке новых экспериментальных подходов и о данных, полученных в его группе по теме проекта В.М.Студитского. Один из подходов, а именно детекция FRET от единичных ДНК-белковых комплексов в растворе, впервые разработан и применён в России. Этот подход широко используется в ряде ведущих лабораторий США и Европы. Получены данные по взаимодействию флуоресцентных меток Cy3 и Cy5 в составе нуклеосомы, которые позволяют проводить эксперименты по изучению разворачивания ДНК в нуклеосоме во время процесса транскрипции.

Доцент кафедры биоинженерии О.С. Соколова представила результаты работы своей группы по проекту Студитского.


Основные методы, которые используются в работе группы О.С. Соколовой для изучения нуклеосомных структур – это методы электронной микроскопии с негативным контрастированием и криоЭМ. Коллегам-микроскопистам  впервые в мире удалось получить ЭМ изображения транскрибирующей РНК-полимеразы, в позиции +41 в нуклеосоме, создать на основе полученных данных трехмерную реконструкцию, а также провести молекулярное моделирование полученных комплексов.

Руководитель одной из групп на кафедре биоинженерии Д.В. Багров рассказал об анализе нуклеосом и ДНК методами атомно-силовой микроскопии (АСМ, фото 5,6).



Были представлены наиболее удачные АСМ изображения нуклеосомных комплексов; в докладе были отражены методические проблемы, с которыми столкнулись коллеги Багрова во время сканирования препаратов нуклеосом. Аудитория активно участвовала в обсуждении методологии атомно-силовых экспериментов; предлагались различные возможные варианты модификации подложек и нуклеосомных матриц, а также возможные контрольные эксперименты. Наибольшую инициативу в дискуссии проявили ведущий ученый В.М. Студитский и профессор А.В.Феофанов.

Семинар закончился докладом научного сотрудника кафедры биоинженерии А.К.Шайтана на тему использования методов молекулярной динамики для анализа структуры и динамики транскрибируемых нуклеосомных комплексов.


Алексей Константинович представил данные параллельных расчетов на суперкомпьютере МГУ «Ломоносов». Модели, созданная в группе, позволяют оценивать водное и ионное окружение комплексов, а также проводить динамические исследования по растяжению ДНК в хроматине.

После докладов состоялась оживлённая дискуссия проекта В.М.Студитского научным коллективом, а также обсуждение дальнейших планов исследований в рамках П-220.



Все новости »