Главная страница Карта сайта Контактная информация





       


Главная » Новости »

Суммарные результаты с начала 2012 года

2012
15
июня
14 июня 2012 года прошел очередной отчетный семинар ЛРТР с участием научных групп МГУ, находящихся в тесном сотрудничестве с нашей лабораторией. Были представлены суммарные результаты, которых удалось добиться с начала 2012 года.

О.С. Соколова

Группой электронной микроскопии представлены последние данные по изучению трехмерных структур надмолекулярных транскрипционных комплексов. Для раскрытия 3D-структур комплексов ДНК – РНК-полимераза – РНК теперь используются томографические исследования, позволяющие получать уникальные реконструкции индивидуальных комплексов. Описан комплекс с РНК-полимеразой в положении +24 от старта нуклеосомы.

А.К. Шайтан

Группа Алексея Шайтана доложила об освоении множества новых техник и программных подходов, адаптированных для моделирования структурных взаимодействий в комплексах матрицы ДНК с позиционированной нуклеосомой. Особенно важным моментом является моделирование структурных изменений этих комплексов при прохождении через них транскрибирующих полимераз различного типа.

Алексей Константинович рассказал о сотрудничестве W.Olson по проекту, посвященном конформационным перестройкам в нуклеосомах.

Отдельное внимание группы было уделено изучению ассиметрии нуклеосомы и ее переходу в состояние гексасомы при уходе одного из гетеродимеров субъединиц H2A, H2B.

Группой А.К. Шайтана был детально проработан докинг дрожжевой РНК-полимеразы II в положении +49 нуклеосомы (использованы программы UCSF Chimera, DMD, Gromax). Было упомянуто, что ранее была проведена работа по моделированию комплекса в положении +39 делал. Однако положении +49 является более интересным с той точки зрения, что именно в нем образуется “0”-петля, за счет которой осуществляется транскрипция через нуклеосому по механизму полимеразы II без диссоциации нуклеосомного кора от матрицы.

Часть результатов можно найти на сайте Группы молекулярного моделирования (http://www.molsim.org/ru/nucleosome).

А.В. Феофанов

Группой А.В.Феофанова был изучен FRET нуклеосомных комплексов в растворе. Для исследуемых препаратов нуклеосом получены характерные распределения на два пика 15%FRET (конформация с развернутой ДНК) и 68%FRET (хорошо свернутые нуклеосомы). Обсуждались различные способы стабилизации препаратов нуклеосом в растворе и были представлены данные, демонстрирующие стабилизирующие свойства БСА в различных концентрациях.

Группа также отчиталась о том, что запущен в работу новый комплекс LSM710 для работы с нуклеосомами , иммобилизированными на подложке. Он позволяет получить более детальное разрешение во времени для конформационных изменений внутри одной молекулы – на новом оборудовании достигнут шаг в 1мс против 25мс полученных раннее. Анализ данных и дальнейшая их статистическая обработка позволит воссоздать временной профиль конформационных изменений нуклеосомного комплекса. В перспективе разработанный подход можно использовать для исследования структурных перестроек под воздействием различных агентов и факторов, что может привести к нахождению определенных химических веществ – потенциальных лекарственных препаратов.

Было уделено внимание разработке модификаций методик для снижения скорости фотообесцвечивания флуорофоров, а также повышения доли иммобиллизованных нуклеосом, сохраняющих способность к FRET.

Д.В.Багров

Группа атомной силовой микроскопии под руководством Дмитрия Багрова представила последние результаты по изучению ДНК-белковых комплексов методом сканирующей АСМ. Группой ведется активная работа по изучению изменений углов изгиба ДНК-матрицы в процессе транскрипции полимераз различного типа через нуклеосому и в отсутствии нуклеосом. Получены изображения остановленых транскрипционных комплексов. Обсуждались методы повышения детализации изображений и статистической обработки полученных данных.

Другое направление исследований группы связано с изучением топологии кольцевой ДНК при внутримолекулярных взаимодействиях. Работа ведется на системе с использованием LacR – молекулы, связывание которой со специфическими последовательностями ДНК в составе кольцевой плазмиды приводит к изменению топологии последней. Влияние топологических изменений в ДНК на транскрипцию – важный фундаментальный вопрос, и исследования с помощью атомной силовой микроскопии вскоре помогут прояснить ключевые детали этого процесса.



Все новости »